Hal tersebut dapat diketahui dari adanya mata pelajaran khas seperti pegon dan tahfidz. Selain dari mata pelajaran di MI Miftahul Akhlaqiyah juga memiliki metode pembelajaran seperti dipondok pesantren, dimana hal tersebut dapat dilihat ketika pelaksanaan pembelajaran di kelas. Guru di MI Miftahul Akhlaqiyah terkadang juga menerapkan meyode seperti di pindok pesantren,antara lain adanya sistem sorogan( mengaji dengan antri di hadapan Guru), hafalan,dan kedisiplinan dalam kegiatan pembelajaran.
Jadi bagi orang tua yang mengharapkan anaknya nanti melanjutkan ke jenjang sekolah pondok pesantren bisa menyekolahkan anaknya di MI Miftahul Akhlaqiyah,agar nantinya ketika berada di pondok pesantren mereka sudah tidak asing lagi dengan metode pembelajaran disana
