MI Miftahul Akhlaqiyah menerapkan kurikulum KTSP untuk semua kelas, pasca penghentian kurikulum 2013 oleh kemendikbud. adapun khusus mapel agama yaitu Bahasa Arab, Alquran hadits, Sejarah Kebudayaan slam dan Aqidah Akhlaq masih memakai kurikulum 2013 sesuai edaran Kemanag. Kurikulum ini diintegrasikan dengan kurikulum khas muatan lokal khas MI MiftahulAkhlaqiyah
